Hvis den anden ELISA-prøve giver et nyt positivt resultat, kan man lave en anden og mere følsom test (Western blot). Hvis den test er positiv, tester man en anden blodprøve i en såkaldt Western blot test. Kun hvis alle tests er positive, anser man personen for at være "HIV-positiv". Falsk-positive resultater ses meget sjældent (ca. 1 ud af hver 20.000 test).

Da immunsystemet skal have tid til at danne antistoffer i et omfang, som kan påvises, så virker denne test ikke direkte efter, at infektionen har fundet sted. Det tager 6-12 uger efter eksponering mod virus at udvikle nok antistoffer til, at der kan foretages en måling. Derfor kan en person, som får taget en HIV-test
i denne periode, muligvis give anledning til en negativ test, selvom vedkommende er smittet (falsk-negativt resultat).

En tidligere påvisning af HIV-smitte er kun mulig ved direkte måling af virusens nukleinsyre i patientens blod (se "virustal"). Men en sådan test er dyrere og anvendes ikke til den rutinemæssige skanning.

Hvordan blev de moderne antivirus lægemidler udviklet?
I moderne lægemiddelforskning undersøger lægerne de molekylære mekanismer af en sygdom og prøver så at fastlægge, hvor I kroppen lægemidlernes virkning er mest lovende (i stedet for at lave tilfældige forsøg med at finde de mest effektive lægemidler). Den grundlæggende forskning kan her være meget vigtig. Da man fx forskede i årsagen til AIDS, som viste sig at være en retro-virus (senere kaldet HIV), var det en stor hjælp, at man allerede vidste meget om retro-virusser og deres generelle egenskaber.

Efter identifikationen af HI-virus lærte forskerne, hvordan denne ser ud i detaljer, hvilke komponenter den består af, og hvilke specifikke roller disse komponenter har i løbet af en livscyklus for virus i en menneskecelle. Både med henblik på at identificere virus og undersøge dens molekylære struktur og funktion anvendte man mange standardprocedurer fra den moderne bioteknologi og genteknologi. Virus blev studeret direkte i elektronmikroskop, dets genom blev sekventeret, og alle dets proteiner blev beskrevet og dets funktioner identificeret. Endelig bidrog alle de oplysninger, som blev indsamlet af forskere i hele verden, til en forståelse af HIV og mekanismerne i dens livscyklus i en menneskecelle.

Der er i teorien mange trin i virusens livscyklus, som er mulige angrebsmål for antivirus lægemidler. Men det viste sig, at de foreløbigt to bedste mål er to virusenzymer ("omvendt transkriptase" (RT) og protease). Det første lægemiddel blev udviklet i 1986 og hed AZT, som er en såkaldt RT inhibitor. Den første protease-inhibitor (PI) blev lanceret i 1996, og udgør et mere effektivt lægemiddel, men det kan også indebære alvorlige bivirkninger. Dog hæmmer alle anti-HIV lægemidler, som er i brug i dag, disse to virusenzymer, men på forskellig vis. Forsøg på at blokere andre virusenzymer eller vigtige strukturer, fx receptor-molekyler, som virus behøver for at identificere celler i dens angrebsmål, er genstand for intensiv forskning.

Måling af viruspartikler
Måling af viruspartikler omfatter en direkte bestemmelse af mængden af HI-virusser i blodet på en patient. Helt præcist måler man mængden af kopier af HIV-RNA pr. ml blodplasma. Der anvendes enten en metode baseret på en direkte forstørrelse af nukleinsyren (dvs. en stærk, præcist defineret multiplicering af RNA-kopien i prøven) ved brug af PCR, eller en kraftig forstærkning af det målte signal (forgrenet DNA-prøve, bDNA). I øjeblikket er den nedre påvisningsgrænse på 5-20 viruskopier pr. ml plasma afhængig af den anvendte metode. Det er et ganske lavt tal: til sammenligning anses mere end 30.000 viruskopier pr. ml plasma som et højt virustal. Den øvre grænse er ca. 10 millioner kopier pr. ml blod.

Virustallet er en meget pålidelig indikator for, hvor langt infektionen er nået, og er i dag den vigtigste indikator for, hvor effektiv en antiretrovirus behandling er, eller for hvorvidt der er behov for en ændring i den anvendte behandling. Målet med behandlingen er at opnå det lavest mulige virustal ved det bedste og mest upåviselige virus-niveau i patientens blod.

T-celletal eller CD4-celltal
T4 celler eller CD4 celler er en særlig type hvide blodceller, som spiller en vigtig og central rolle i menneskets immunsystem. Desværre er de også de foretrukne værtsceller for HI-virusser, som angriber og udsletter cellerne. En sund person har ca. 800-1500 CD4 celler pr. mikroliter blod. Hvis der er mindre end 200 CD4 celler pr. mikroliter blod, bliver immunforsvaret ufuldstændigt.

Sammen med virustallet er CD4-celletallet en pålidelig indikator for patientens tilstand. CD4-cellerne tælles direkte i en blodprøve ved hjælp af en metode, som kaldes "laserflow cytometri". Ved bindingen af de monoklonale antistoffer, som anerkender de specifikke overfladestrukturer på disse celler, er CD4-celler påført særlige fluorescerede indikatorer. Det gør det muligt at skelne disse celler fra de øvrige i prøven samt at tælle dem, mens de passerer forbi en detektor.

"Vaskning" af sædceller
Sæd fra en HIV-positiv mand kan indeholde et højt antal virusser, selv i løbet af en antiretrovirus behandling. Heldigvis vil virusserne normalt ikke hæfte sig på de levende sædceller (som skal bruges til befrugtningen). De befinder sig hovedsageligt i væsken og er forbundet med døde sædceller samt visse andre celler i sæden. Det er derfor muligt at adskille de ønskede levende sædceller fra de frie virusser og de smittede celler ved en slags "vaskning", der inkluderer en densitetsgradient centrifugering, som foregår i tre trin.

Herefter undersøger man nøje en prøve af den vaskede sperm for virusens nukleinsyre ved hjælp af en særdeles følsom påvisningsmetode som PCR. I løbet af denne procedure opbevares de resterende sædceller ved kryokonservering for at holde dem i live, og efter at de har vist sig at være virusfri (uden det mindste spor af virus-DNA eller virus-RNA), anvendes spermen til kunstig befrugtning eller om nødvendigt til IVF.

Hvad er et gen?
Hvad er et kromosom?
Hvad er DNA?
Hvad er et protein?
Hvad er mitose/meiose?
Hvad er arvelighed?
Genetisk sygdomstest
Skridt fra et menneskefoster til behandling
Hvordan får man fat i stamceller fra et foster?
Hvordan kan man lave en tomatplante, som insekter ikke kan li'?