Si l'embaràs s'aconsegueix immediatament, la parella pot optar per no fer servir els embrions restants. Hi ha països en què les parelles tenen l'opció de donar els embrions no desitjats per a la investigació o bé de desfer-se'n.

D'alguns embrions emmagatzemats, malgrat tot, no se'n va decidir mai el destí. Durant els últims 20 anys des que es va iniciar la FIV, molts dels donants d'òvuls i d'esperma han canviat de domicili, s'han tornat a casar i s'han canviat el nom o, fins i tot, s'han mort. A les clíniques de fertilitat, possiblement, els seria impossible seguir-los la pista. El destí de molts embrions emmagatzemats és, per tant, incert.

Una segona font d'embrions encara més controvertida per obtenir cèl·lules mare serien els embrions creats únicament per a la investigació o per a tractaments. No hi ha hagut mai cap intenció d'implantar-los a una dona. Crear un embrió amb aquesta finalitat no és considerat ètic per molta gent (i alguns governs).

Malgrat tot, ja hi ha milions d'espermatozous i milers d'òvuls sense fecundar en frigorífics de clíniques FIV arreu d'Europa. Si l'esperma s'utilitzés per fecundar els òvuls, hi hauria més embrions per subministrar cèl·lules mare per curar malalties.

Hi ha una última forma d'obtenir embrions humans, fent servir la tècnica de la clonació. Això implica la creació d'un embrió humà que contingui tota l'estructura genètica d'algú que encara sigui viu. Si s'implanta a l'úter d'una dona, l'embrió, en teoria, es convertiria en un clon (una còpia genèticament idèntica) d'aquella persona. Si s'utilitza en la investigació, l'embrió podria proporcionar cèl·lules mare per curar malalties.

• Què són les cèl·lules mare?
• D'on provenen els embrions humans?
• Altres fonts de cèl·lules mare humanes
• La clonació humana, una visió general
• La clonació humana, els riscos