Si la mujer a la que se le practica la FIV se queda embarazada, la pareja puede optar por donar los embriones que no quieren para investigación o por eliminarlos.

Sin embargo, nunca llegó a ser tomada una decisión sobre el destino de algunos de los embriones almacenados. En los últimos 20 años, desde el inicio de la FIV, muchos de los donantes de óvulos y esperma cambiaron de casa, se volvieron a casar y cambiaron de nombre, o tal vez hayan muerto. Las clínicas de fertilidad pueden no encontrarlos. El destino de muchos embriones almacenados es por eso incierto.

Una segunda fuente de embriones, todavía más polémica, para el abastecimiento de células madre sería la creación de embriones únicamente para investigación o tratamiento. Nunca existió ninguna intención de implantarlos en una mujer. La creación de un embrión con esta finalidad es considerada por muchas personas (y por algunos gobiernos) éticamente errónea.

Sea como fuere, ya existen millones de espermatozoides y miles de óvulos no fertilizados congelados en clínicas de FIV en toda Europa. Si los espermatozoides fueran utilizados para fecundar a los óvulos, existirían más embriones todavía para obtener células madre y poder curar enfermedades.

Existe una última forma de obtener embriones humanos, basada en la utilización de la técnica de la clonación. Dicha técnica consiste en la creación de un embrión humano que contenga la composición genética completa de alguien que ya está vivo. Si fuera implantado en el útero de una mujer, el embrión podría técnicamente convertirse en un clon (una copia genéticamente igual) de esa persona. Si fuese utilizado para la investigación, el embrión proporcionaría células madre para la cura de enfermedades.

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